RSUD Embung Fatimah Kota Batam merupakan pengembangan dari Puskesmas Batu Aji yang sudah ada sejak tanggal 8 Oktober 1986. Tahun 1988 Puskesmas Batu Aji menjadi Puskesmas rawat inap dengan kapasitas 6 (enam) tempat tidur. Seiring perkembangan Kota Batam dan tuntutan kebutuhan masyarakat, Puskesmas Batu Aji dikembangkan menjadi Rumah Sakit Umum Daerah tipe D sesuai dengan SK. Menkes RI Nomor 779/Menkes/SK/VII/2004 tanggal 11 Oktober 2004. Sebagai RSUD tipe D, RSUD Batu Aji memiliki kapasitas 56 tempat tidur dengan pelayanan 4 (empat) spesialis dasar yakni spesialis bedah, spesialis kebidanan, spesialis penyakit dalam dan spesialis anak.
Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 1 Tahun 2006 tanggal 20 Januari 2006 tentang pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja, Rumah Sakit Umum Daerah berubah menjadi salah satu unsur organisasi perangkat daerah. Dengan Perda ini maka Rumah Sakit Umum Daerah Batu Aji menjadi Lembaga Teknis Daerah dalam bidang pelayanan kesehatan sebagai Rumah Sakit Umum Daerah Kota Batam dan bertanggung jawab langsung kepada Walikota Batam selaku kepala daerah.
Sebagai layanan publik di bidang kesehatan, pada tanggal 31 Desember tahun 2009, RSUD Kota Batam menjadi Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Walikota Nomor KPTS. 451/HK/XII/2009 tentangPenetapan Status Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) pada Rumah Sakit Umum Daerah Kota Batam, dimana operasional RSUD Kota Batam sebagai BLUD dimulai pada tanggal 1 Januari 2010.
Pada awal penetapan BLUD, RSUD Kota Batam yang merupakan rumah sakit tipe D, kemudian pada tahun 2011, RSUD pindah ke Jl. R.Soeprapto Blok D 1-9 Batu Aji dan berubah nama menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Embung Fatimah Kota Batam, serta ditetapkan sebagai Rumah Sakit Tipe C dengan jumlah tempat tidur 112. Pada tahun 2012 RSUD Embung Fatimah terakreditasi 5 (lima) pelayanan dengan kapasitas 220 tempat tidur. Pada tanggal 21 Januari tahun 2014, RSUD Embung Fatimah Kota Batam ditetapkan menjadi rumah sakit tipe B. Seiring waktu berjalan pada tanggal 18 November 2015 RSUD Embung Fatimah Kota Batam telah dilakukan survey oleh Tim KARS (Komite Akreditasi Rumah Sakit) Kementerian Kesehatan.Pada tahun yang sama tepatnya tanggal 14 Februari 2015 RSUD Embung Fatimah Kota Batam ditetapkan sebagai Rumah Sakit Rujukan Regional dengan Keputusan Direktur Jenderal Bina Upaya Kesehatan Kementerian Kesehatan No. HK.02.04/I/0464/2015.
Kenaikan status tersebut tidak lepas dari berbagai peningkatan dan pengembangan yang dilakukan oleh RSUD Embung Fatimah Kota Batam sebagai jawaban atas tuntutan kebutuhan pelayanan kesehatan rujukan masyarakat Kota Batam.Namun demikian, RSUD Embung Fatimah Kota Batam akan terus mengembangkan diri melalui penyediaan pelayanan poliklinik yang lebih lengkap dan pengobatan yang holistik, melakukan kerjasama dengan berbagai pihak baik asuransi kesehatan maupun perusahaan swasta, kerjasama dengan berbagai lembaga pendidikan kesehatan, serta berbagai pelatihan baik in-house dan ex-house training dalam rangka meningkatkan mutu dan kualitas sumber daya manusia kesehatan.
