Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Batam Nomor 7 Tahun 2014 Tentang Organisasi Perangkat Daerah Pemerintah Kota Batam, RSUD memiliki susunan struktur organisasi adalah sebagai berikut:
- Direktur RSUD
- Wakil Direktur Umum dan Keuangan
- Wakil Direktur Pelayanan Medik dan Keperawatan
- Kepala Bagian Umum, membawahi:
- Sub Bagian Umum dan Perlengkapan
- Sub Bagian Kepegawaian dan Diklat
- Kepala Bagian Program dan Kerjasama, membawahi:
- Sub Bagian Penyusunan Program dan Kerjasama
- Sub Bagian Hukum danHumas
- Kepala Bagian Keuangan, membawahi:
- Sub Bagian Anggaran dan Perbendaharaan
- Sub Bagian Verifikasi dan Akuntansi
- Bidang Pelayanan Medik, membawahi:
- Seksi Pelayanan Medik Rawat Jalan dan Khusus
- Seksi Pelayanan Medik Rawat Inap
- Bidang Keperawatan, membawahi:
- Seksi Asuhan Keperawatan
- Seksi Pengembangan dan
Mutu Keperawatan
- Bidang Penunjang Medik dan Non Medik, membawahi:
- Seksi Penunjang Medik
- Seksi Penunjang Non Medik
Adapun struktur organisasi RSUD Kota Batam adalah sebagai mana Gambar dibawah ini
Struktur Organisasi Dan Tata Kerja (SOTK)
RSUD Embung Fatimah Kota Batam